Der Prozess der Qualitätsprüfung umfasst drei wesentliche Schritte: Im ersten Schritt werden die Vergleichsobjekte geladen, die sich zum einen aus einer Referenzdatei und zum anderen aus einem eingescannten Packmittel zusammensetzen. Im Anschluss wird die Prüfung der Dokumente automatisch gestartet.

Im zweiten Schritt wird die Bewertung des eingescannten Vergleichsobjekts auf der Grundlage der Referenzdatei vorgenommen. Pixel Proof stellt dabei Bildabweichungen heraus, die farbig dargestellt und vom Bediener kommentiert werden können. Neben Textverifikationen kann auch die Druck- und Prägequalität von Braille und Barcodes untersucht werden. Die Braille-Prägung wird dekodiert, die Höhe vermessen und mögliche Abweichungen farblich gekennzeichnet. Der Barcode wird einerseits interpretiert und andererseits einer Qualitätsprüfung nach ISO/IEC 15416 Standard unterzogen.

Der dritte und letzte Schritt umfasst den Abschluss der Prüfung. Der Bediener erhält ein Prüfprotokoll mit dem Ergebnis der Bewertung. Auf diesem werden die Abweichungen direkt auf dem eingelegten Vergleichsmuster mit Zahlen markiert und die hierzu erfassten Eingaben aufgelistet.